Bidang kuasa dan fungsi penubuhan JHEAINS yang telah diluluskan:

1. Melaksanakan enakmen dan dasar-dasar yang digubal oleh Majlis Ugama Islam Negeri Sabah (MUIS).
2. Menguatkuasakan undang-undang Islam berkaitan kekeluargaan Islam.
3. Pengawalan sekolah-sekolah agama Islam.
4. Penguatkuasaan dan pendakwaan kesalahan-kesalahan jenayah Syariah.
5. Mengurus tadbir sekolah agama negeri, rumah anak yatim, masjid dan surau.
6. Pelaksanaan, pemantauan dan pengukuhan aktiviti dakwah.
7. Perkara-perkara lain berhubung dengannya serta meneruskan tugas dan tanggungjawab melaksanakan perkhidmatan yang sebelum ini dilaksanakan oleh MUIS.