Fungsi Utama 

1. Melaksanakan penguatkuasaan Dasar Pendidikan berpandukan Enakmen Pengawalan Sekolah-sekolah Agama Islam 1991 (En.7/91) Majlis Ugama Islam Sabah (MUIS).
2. Memantau, menyelaras dan mengurus Institusi Pendidikan Islam Negeri Sabah.
3. Bertanggungjawab terhadap pengoperasian Institusi Pendidikan Islam Swasta Negeri Sabah.
4. Merancang dan melaksanakan aktiviti kenaziran di Institusi Pendidikan Islam negeri dan swasta yang berdaftar di bawah JHEAINS. 
5. Merancang dan menyelaras perkara-perkara yang berkaitan dengan kurikulum, kokurikulum, Buku Teks, bantuan pendidikan, pembangunan akademik dan infrastruktur, penempatan, latihan dan pelbagai kursus.
6. Menilai prestasi Pegawai Perkhidmatan Pendidikan dan staf sokongan untuk tujuan perakuan kenaikan pangkat.
7. Menyelaras, menganalisa dan mengesahkan data dan maklumat Institusi Pendidikan Islam Negeri Sabah.
8. Melaksanakan dan menyelaras peperiksaan bagi Institusi Pendidikan Islam Negeri Sabah.