Berikut ialah Senarai Sekolah Agama Negeri (SAN) yang dibawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam (JHEAINS) Bahagian Pedalaman Bawah. 

SAN PEKAN BEAUFORT
SAN BANTING, SIPITANG
SAN BINSULOK, MEMBAKUT
SAN KG. BINGKOL
SAN KG. KLIAS KECIL
SAN KG. LABA
SAN KG. LIMBAWANG
SAN KG. LUMADAN
SAN KG. MELALIA
SAN KG. PANTAI, SIPITANG
SAN KG. PELAKAT, SIPITANG
SAN KG. PIMPING, MEMBAKUT
SAN KG. ULU, SIPITANG
SAN KG.NALUYAN, SIPITANG
SAN KG.TAKULI
SAN KUKUT
SAN PEKAN MEMBAKUT
SAN PEKAN MENUMBOK
SAN PEKAN SIPITANG
SAN PEKAN WESTON
SAN RANCANGAN KLIAS
SAN LUBAK
SAN KOTA KLIAS
SAN KABIDANG
SAN GADONG
SAN BATANDOK
SAN KG. BRUNEI MEMBAKUT
SAN SINDUMIN
SAN PEKAN KUALA PENYU
SAN TIDONG K.PENYU
SAN PALU-PALU
SAN MANSUD
SAN KERUKAN
SAR KG KEBULU