Berikut ialah Senarai Sekolah Agama Negeri (SAN) yang dibawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam (JHEAINS) Bahagian Pedalaman Bawah. 

1. SAN PEKAN BEAUFORT
2. SAN BANTING, SIPITANG
3. SAN BINSULOK, MEMBAKUT
4. SAN KG. BINGKOL
5. SAN KG. KLIAS KECIL
6. SAN KG. LABA
7. SAN KG. LIMBAWANG
8. SAN KG. LUMADAN
9. SAN KG. MELALIA
10. SAN KG. PANTAI, SIPITANG
11. SAN KG. PELAKAT, SIPITANG
12. SAN KG. PIMPING, MEMBAKUT
13. SAN KG. ULU, SIPITANG
14. SAN KG.NALUYAN, SIPITANG
15. SAN KG.TAKULI
16. SAN KUKUT
17. SAN PEKAN MEMBAKUT
18. SAN PEKAN MENUMBOK
19. SAN PEKAN SIPITANG
20. SAN PEKAN WESTON
21. SAN RANCANGAN KLIAS
22. SAN LUBAK
23. SAN KOTA KLIAS
24. SAN KABIDANG
25. SAN GADONG
26. SAN BATANDOK
27. SAN KG. BRUNEI MEMBAKUT
28. SAN SINDUMIN
29. SAN PEKAN KUALA PENYU
30. SAN TIDONG K.PENYU
31. SAN PALU-PALU
32. SAN MANSUD
33. SAN KERUKAN
34. SAR KG KEBULU