Berikut ialah Senarai Sekolah Agama Negeri (SAN) yang dibawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam (JHEAINS) Bahagian Pedalaman Bawah.
- SAN PEKAN BEAUFORT
- SAN BANTING, SIPITANG
- SAN BINSULOK, MEMBAKUT
- SAN KG. BINGKOL
- SAN KG. KLIAS KECIL
- SAN KG. LABA
- SAN KG. LIMBAWANG
- SAN KG. LUMADAN
- SAN KG. MELALIA
- SAN KG. PANTAI, SIPITANG
- SAN KG. PELAKAT, SIPITANG
- SAN KG. PIMPING, MEMBAKUT
- SAN KG. ULU, SIPITANG
- SAN KG.NALUYAN, SIPITANG
- SAN KG.TAKULI
- SAN KUKUT
- SAN PEKAN MEMBAKUT
- SAN PEKAN MENUMBOK
- SAN PEKAN SIPITANG
- SAN PEKAN WESTON
- SAN RANCANGAN KLIAS
- SAN LUBAK
- SAN KOTA KLIAS
- SAN KABIDANG
- SAN GADONG
- SAN BATANDOK
- SAN KG. BRUNEI MEMBAKUT
- SAN SINDUMIN
- SAN PEKAN KUALA PENYU
- SAN TIDONG K.PENYU
- SAN PALU-PALU
- SAN MANSUD
- SAN KERUKAN
- SAR KG KEBULU