Berikut ialah Senarai Sekolah Agama Negeri (SAN) yang dibawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam (JHEAINS) Bahagian Pedalaman Atas.
SAN BAGINDA
SAN KG. CHINTA MATA
SAN MENINIPIR
SAN PEKAN KENINGAU
SAN PEKAN TAMBUNAN
SAN PEKAN TENOM
SAN RAY TAMBUNAN
SAN TUDAN BARU
SAN KOTA AYANGAN
SAN APIN-APIN
SAN BAYANGAN
SAN MENAWO