Berikut ialah Senarai Sekolah Agama Negeri (SAN) yang dibawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam (JHEAINS) Bahagian Tawau.
- SAN BALUNG
- SAN MEROTAI BESAR
- AN PEKAN KUNAK
- SAN PEKAN SEMPORNA
- SAN TABANAK
- SAN SUNGAI PUKUL
- SAN SILABUKAN
- SAN BT. 1 KG. HJ. KHAMIS